帝国王子鲁路修在母亲被杀后，与失明的妹妹一起被流放到第11区（原日本）作为人质。在那里，他们遇到了日本王子朱雀，三人一起度过了美好的童年。帝国最终全面攻陷了第十一区，再次剥夺了鲁路修和妹妹的平静生活，并带着他们驱散了朱雀。鲁路修和妹妹隐瞒角色，过着看似普通的学生生活。但鲁路修对帝国的仇恨并没有停止。他想摧毁帝国，创造一个让妹妹快乐生活的世界。这一切随着神秘少女C.C.的出现不再遥不可及，此时朱雀也重新出现在他们的生活中，但残酷的现实让儿时的伙伴们难以重温儿时的记忆。没有正义或邪恶，黑暗或光明。只有难以预测的艰难抉择和对明天的估计。二战的法西斯帝国日本在《反叛的鲁鲁修》里面摇身一变成为了一个中立的，被大国殖民的无辜弱者。首先在背景设定上面《反叛的鲁鲁修》就呈现出极强的右翼史观色彩，动漫本身的背景显而易见与二战有着千丝万缕的联系，但是它剥离了二战中日本作为侵略国的前世，以二战结束之后冷战时期日本与美国签订的安保条约为切口，开始了故事的讲述。第二集出现的地图可能在这个背景之中也包含着一种广泛的右翼关于历史的认知即日本是二站中的受害国，日本在二站之后长期处于美国的军事控制之中而始终没有办法拥有完整的政治主权。同时，对于日本在二战中犯下的罪行或是讳莫如深或是极力否认，不管是慰安妇还是百人斩亦或是其它更加惨无人道或是宏观的战争罪行。与此同时，剧情越推进越呈现出一种诡异的立场。鲁鲁修作为“高贵”的布里塔尼亚人决定反抗布里塔尼亚对于日本的殖民，渴望解放日本，但是鲁鲁修并不以此为目标而是立志于站在弱者一边对抗强者。此时，黑暗骑士团的目标从解放日本泛化为广义的弱势对抗强势的理念，解放日本沦为这个宏大理念下的一个具体阶段，此为其一。其二是真正想要光复日本的正统民族主义组织日本解放战线一来戏份并不多存在感并不强，二来在几场主要战争之中